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日本研究生院大学具有以下优势:拥有大学难以比拟的大型研究设施、高水平实验设备及种类齐全的专业研究资料,可为研究生培养提供一流的科技创新平台;由于各研究机构有大量国际合作项目和国内重大课题,因此经费充足,研究生有足够的机会参与前沿课题的研究;多学科交叉融合的学术环境,有利于提高研究生运用多种知识、理论和方法解决问题的能力;频繁的国际、国内学术交流有利于研究生开拓学术视野,激发创新思维;学生培养实行指导小组制,一名学生一般由一名主导师和2~3名研究人员负责指导。
科学研究的过程驱使研究生的课程学习向着更加宽广、更加纵深的方向发展。研究生在课题研究中,需要对获取的信息进行分析、处理、定论,在这个过程中需应用本学科和相关学科的基础知识,同时课题研究的难点、疑点问题还迫使研究生去查阅大量的相关文献或请教教师。这种知识的积累转而又可成为科学研究的支撑和动力。在课题研究牵引下的“学习科研学习科研”发展链中,实现了二者相互渗透、相辅相成的良性循环。